Bis 1955 gehörten die evangelischen Christen aus Zeesen (Dorf und Steinberg) zum Pfarramt Königs Wusterhausen - und aus Körbiskrug zum Pfarramt Bestensee. Die Versammlungen der Gemeindeglieder fanden in Privathäusern, in der Schule (seit 1942 verboten) oder (als Gäste) in der Kapelle der Evangelisch-Freikirchlichen Gemeinde statt.

Am 1.4.1955 wird das Pfarramt Zeesen-Schenkendorf, gebildet* und Zeesen zum Wohnsitz des Pfarrers bestimmt. Das für einen Neubau bestimmte Grundstück in der Karl Liebknechtstraße (1956 war schon Baumaterial der Firma Holzwerk Ilmenau geliefert worden) musste zurückgegeben werden - und die Kirchengemeinde erhielt gegen Pacht das Grundstuck in der Friedenstraße 54. 

Es ist Herrn Dr. Klubescheidt und Pfarrer Tillack (und auch Herrn Nuschke) zu verdanken, dass am 18.4.1957 die Grundsteinlegung für das Gemeindezentrum stattfinden konnte. Die Baracke sollte einen Kirchsaal, 2 Gemeinderäume und Sanitärraume und außerdem eine Dienstwohnung enthalten. Da sich nach einigen Jahren Mängel an der Isolierung der Außenwände zeigten, wurde das Gebäude mit sog. Sauerkraut-Platten” und Putz verstärkt. 

Zum 15.9.1957 erhielt das Pfarramt einen eigenen Pfarrer (Hilfsprediger Martin Mielke), dem zum 1.1.1959 die Pfarrstelle übertragen wurde. 

Am 7. Mai 1959 (Himmelfahrt) wurde mit einem Festgottesdienst die Kirche in Dienst gestellt. Die Firma Eule baute eine Orgel, die zusammengebaut (!) angeliefert und am 26.2.1961 der Gemeinde vorgestellt wurde. Die beiden bei der Firma Schilling (Apolda) bestellten Glocken wurden am 6.3.1961 geliefert und lauteten am 26. Juli 1964 zu einem Festgottesdienst. Seit 2004 werden die Glocken „automatisch“ geläutet. 

Das den Kirchraum prägende Holzkreuz wurde von einem Handwerker gespendet, die farbigen Altartücher und Bilder zum Gleichnis vom verlorenen Sohn sind Arbeiten von Frau Erika Miedlich. 

Es gab in den ersten beiden Jahrzehnten mehrere hauptamtliche Mitarbeiter (Frau Erika Miedlich (Zeesen): Kinder- und Jugendarbeit; Herr Wilhelm Wertensohn (Schenkendorf): Organist) und eine Reihe von ehrenamtlichen” (Frau Klara Weigelt: Frauenhilfe; Herr Dr. Klubescheidt: Lektorendienst u.a.) 

In der Gemeinde beliebt waren die jährlichen Gemeindeausfüge (oft mit 2 Bussen von Bus-Lehmann - bis sie verboten wurden) und die Gemeindefeste im Sommer bzw. die Adventsfeiern, die Jugendfahrten nach Polen, der (damaligen) CSSR und Wusterhausen. Die nördlich von Bestensee gelegenen Gemeinden wurden 1998 dem Kirchenkreis Neukölln angegliedert. lm Zuge der Verwaltungsreform wurde die Pfarrstelle Zeesen-Schenkendorf aufgelöst. Pfarramtlich betreut wurden die Gemeinden von den Pfarrpersonen des Pfarrsprengels Königs Wusterhausen. Die Gemeindekirchenräte hatten aber erreicht, dass die Gemeinden als eigenständige Kirchengemeinden erhalten bleiben.

Die Pfarrpersonen des Pfarrsprengels Königs Wusterhausen, Pfr. Witt-Felser, Pfn. Winter und Pfr. Arndt, sind zuständig für die monatlichen Gottesdienste und die  Amtshandlungen in Zeesen. 

Bei der Gemeindekirchenratswahl 2019 fanden sich nicht genügend KandidatInnen, um mit der Kirchengemeinde Schenkendorf weiterhin einen gemeinsamen GKR bilden zu können. Das war in den Jahren zuvor gängige Praxis. Auf Beschluss des Kreiskirchenrates wurde die Kirchengemeinde Schenkendorf beauftragt, auch die Leitung der weiterhin selbstständigen Gemeinde Zeesen zu übernehmen. 

Am 01. Januar 2024 fusionierten die Kirchengemeinde Schenkendorf und Zeesen zur Ev. Kirchengemeinde Schenkendorf-Zeesen. Die eigenständige Kirchengemeinde Zeesen war damit Geschichte.

Auch in Zukunft wird es weiterhin regelmäßig Gottesdienste in der Kirche in Zeesen geben. Über die Zukunft der Kirche gibt es derzeit Verhandlungen mit der Stadt KW, der das Grundstück, auf dem die Kirche steht, gehört.

Heute gehören zur Ev. Kirchengemeinde Schenkendorf-Zeesen ca. 571 Gemeindeglieder.

Ingo Arndt